党的二十大报告指出，中国式现代化是人与自然和谐共生的现代化。作为践行习近平生态文明思想的一项重要工作，长江流域综合治理在推动发展方式绿色转型、加快美丽中国建设等方面有着不可替代的地位与作用。

行政公益诉讼有诉前程序和诉讼程序两种模式，且诉前程序是提起行政公益诉讼的前置程序。目前，在流域综合治理领域，行政公益诉讼诉前程序存在三个矛盾，即“行政权界定模糊与检察机关精准监督、流域整体性与条块状管辖原则、单一制发检察建议与公共利益实质性救济”这三对关系间的矛盾。对此，行政公益诉讼诉前程序在制度层面，需要调整“立案调查—制发检察建议—结案或提起诉讼”的适用，确立诉前程序的协同治理功能。

一是明确磋商的适用规则。明确磋商的适用规则，有利于充分确保诉前磋商信息互通。具体应在以下几方面予以明确：首先，应将造成公益损害风险的行为纳入法律监督范围，在立法层面确认预防性行政公益诉讼。其次，检察机关立案调查结束后，通过前置磋商机制对案件分类处理。如果行政监管职权清晰、不依法履职行为明确，检察机关应召集行政机关就依法履职整改方案展开磋商，并按照磋商结果向行政机关制发针对性的检察建议，避免大量概括性检察建议出现，使检察建议符合《人民检察院公益诉讼办案规则》（下称《办案规则》）的规范要求。如果造成公益损害或损害风险的原因与职权交叉、联合执法、技术限制等不适宜制发检察建议的情形有关，检察机关也可启动磋商。磋商由检察机关召集，参与磋商的主体以相关行政机关为主，必要时检察机关应向同级党委和政府汇报，并邀请同级党委、政府共同磋商，也可视具体情况参照《人民检察院公益诉讼办案听证工作指引》中关于公益诉讼听证会参加人的相关规定，邀请人大代表、政协委员、专家学者及社会公众等参与磋商。

二是建立跨行政区划检察一体化立案管辖原则。落实诉前程序的独立价值尤其是协同治理功能，需要充分利用检察一体化办案机制予以保障。首先，检察机关应确立跨行政区划案件的一体化立案管辖原则。在公益救济方面，跨行政区划案件的专属管辖、指定管辖和提级管辖存在的共性问题，导致办案机关与公益损害所在地分离，无法同时发挥下级检察机关贴近案件事实、上级检察机关协调各方的优势。建议将《办案规则》第15条修改为“设区的市级以上人民检察院管辖本辖区内重大、复杂的案件。公益损害范围涉及两个或两个以上行政区划的公益诉讼案件，可以由共同的上一级人民检察院管辖，或由上级检察机关统一立案后，按照案件实际情况由涉案行政机关所在地检察机关联合办案”。由此，对于执法标准不一、区域利益博弈等问题，可由上级检察机关统一协调；对于调查核实、启动磋商以及制发检察建议，可由基层检察机关具体负责。为打破部门主义造成的磋商阻力，检察机关决定独立适用磋商时，应主动向上级检察机关备案，必要时上级检察机关可以共同参与磋商，利用检察机关的体制优势，督促相关主体达成一致意见。因此，建议在《办案规则》第73条中，增加“检察机关采用磋商方式的，应向上级检察机关备案，必要时上级检察机关应指导办案检察机关协调相关各方形成整改方案”之规定。

三是完善诉前程序协同治理功能的保障与规制。在保障方面，目前规范层面仅赋予检察机关在行政公益诉讼中有限的调查核实权，且《关于检察公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》第6条概括性地规定了行政机关配合检察机关调查核实的义务，却未规定违反该义务的法律责任。基于行政公益诉讼与刑事公诉的差别，强制性措施不利于司法权与行政权充分互动与治理合力的形成。因此，检察机关不宜对行政机关采取刑事公诉调查中的各类强制性措施，但应在规范层面明确涉案行政机关参与磋商的法定义务、行政机关对依法履职承担的举证责任，特别是要明确行政机关不配合调查时的应对举措——行政机关违反参与磋商法定义务以及不配合检察机关调查取证时，检察机关可行使向行政机关的上级机关、上级检察机关以及同级党委、人大和政府通报的权力，并将参与诉前程序的情况纳入行政机关及领导人员的管理目标考核范围，保障诉前程序协同治理功能的落实。

此外，鉴于流域兼具生态价值和经济价值，立法应适度拓展流域治理领域行政公益诉讼的公益类型，不能笼统限定于生态环境和资源保护领域。最高人民法院、最高人民检察院《关于检察公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》第21条规定，检察机关提起检察建议适用的情形是行政机关“违法行使职权或者不作为”，而向法院提起诉讼的情形表述为“不依法履行职责”。有效保护公共利益是衡量行政机关是否依法履职的标准，应当把穷尽行政监管手段和客观因素超出主观能力等因素作为行政机关尽职免责的合理考虑。因此，阻却诉前程序协同治理功能启动的情形，只能包括行政机关穷尽职能、不可抗拒因素导致受损公益无法救济两种情形。在磋商的中止方面，笔者认为，引发磋商中止的情形主要有两种：一是磋商主体经过磋商达不成一致的磋商意见。如多家行政机关之间存在职能交叉，无法就各部门分工达成一致意见；再如，一方在磋商过程中主动放弃磋商，致使磋商协议无法达成。二是磋商过程中发现行贿受贿、滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊、弄虚作假、互联串通损害公共利益等违法行为发生。也就是说，磋商过程中如果涉及违法犯罪的，磋商不宜再继续进行。同时，检察机关可对磋商进行期限控制，同时以信息公开作为外部约束，并引入检察听证，多方听取对整改落实情况的意见建议，实现办案“三个效果”有机统一。